高校生の黒羽快斗は、世間から注目を集める「怪盗キッド」の正体が父であったこと、さらに父が謎の組織に命を奪われたことを知る。そこで、快斗は父の衣装を身にまとい、謎に包まれた死の真相を暴こうとする。